Vào mùa hè năm 1944, những chiến thắng của quân Mỹ ở mặt trận Tây Nam và trung tâm Thái Bình Dương làm vòng vây của Đồng Minh tiến sát chính quốc Nhật ngày một gần hơn bao giờ hết. Tuy nhiên trong Bộ tổng tham mưu Liên quân Hoa Kỳ xảy ra sự bất đồng về những bước tiếp theo trong việc tấn công chính quốc Nhật Bản. Chiến lược thứ nhất được đề nghị bởi Tướng Douglas MacArthur kêu gọi một tấn công chiếm lại Philippines ngay sau khi chiếm Okinawa, rồi đổ bộ lên Nhật Bản. Đô Đốc Chester Nimitz, chỉ huy Hạm đội Thái Bình Dương, nghiêng về phương án thứ 2. Theo đó quân Mỹ sẽ không tấn công Philippines mà sẽ chiếm đảo Okinawa và Đài Loan để làm bàn đạp tiến vào Trung Quốc cũng như các đảo phương Nam của Nhật Bản.

Đối với vấn đề Peleliu, cả hai chiến lược đều bao gồm việc chiếm lấy đảo, nhưng mục đích thì khác nhau và Sư đoàn 1 Thủy Quân Lục Chiến được cử thực hiện cuộc đổ bộ. Để giải quyết sự bất đồng, đích thân Tổng thống Franklin D. Roosevelt đã sang Trân Châu cảng lần lượt gặp các tướng lãnh và lắng nghe quan điểm của hai bên. Sau khi xem xét cả hai kế hoạch, phương án của MacArthur được chọn. Tuy nhiên việc xây dựng và củng cố các sân bay trước khi MacArthur có thể chiếm lại được Philippines, quần đảo Palau, đảo Peleliu và Angaur là cần thiết để bảo vệ cánh phải của quân Mỹ. Sự cần thiết của trận đánh đã bị đặt câu hỏi ngay cả khi cuộc đổ bộ chưa bắt đầu và sau này được coi như hoàn toàn không có ý nghĩa.